在狱中，李斯写了一份申辩书给秦二世。他希望这份申辩书能改变自己的命运，就像当年的《谏逐客书》一样。然而，不用说它没有能到达秦二世的手中，即使到了，我看也未必有效。 首先，申辩有点儿牛头不对马嘴。秦二世及赵高给他所加的罪名是谋反。赵高说：“丞相所患者独高，高已死，丞相即欲为田常所为。”既如此，李斯作申辩，就该辩明自己无罪，说明对皇帝忠心耿耿，绝无谋反之心。可李斯在申辩书中，却名为列数自己的罪状，实为大摆自己的功劳。如罪状之一即功劳之一为：“先王之时，秦地不过千里，兵数十万。臣尽薄材，谨奉法令，阴行谋臣，资之金玉，使游说诸侯，阴修甲兵，饰政教，官斗士，尊功臣，盛其爵禄，故终以胁韩弱魏，破燕、赵，夷齐、楚，卒兼六国，虏其王，立秦为天子。”这功劳是真的，对秦王朝来说能称得上天大的功劳。可是，有天大功劳的人就一定不会谋反么？能因为你有天大的功劳就赦免你的谋反之罪么？
再说，李斯这些功劳能否让秦二世感动恐怕也是问题。一来，做皇帝的很少能念叨大臣的功劳。有了过失，他们会认为是大臣造成的；有了功劳，他们会认为这是由于自己天纵聪明。二来，秦二世是耽于享乐的人。通常说来，一个耽于享乐的皇帝，是不大清楚前辈创业艰难的。你不就是做了这点儿事吗？有什么了不起的？不用说他未必认为李斯有什么了不得，就是他父亲统一六国有多难，他也未必清楚。说不定他认为他父亲打天下与自己坐天下一样容易哩。三来，皇帝最容不得大臣在自己面前摆功。就算你其他什么事情都没有，只是在皇帝面前摆一下功，也可能犯下大忌，招来杀头之罪。所以，聪明的大臣面对皇帝总是贬损自己，而不会在皇帝面前摆功。功高震主呀。
还有，秦二世对李斯有直接的了解。当初，秦始皇本想将天下传给大儿子扶苏。由赵高与李斯的对话可知，秦始皇是给李斯下了“诏”的。可是，李斯没有听秦始皇的诏命，扶助扶苏做皇帝，而是让秦二世做了皇帝，并伪造诏书害死了扶苏与蒙恬。秦二世会想，李斯对秦始皇尚且不忠诚，对自己能忠诚吗？可以说，这件事让秦二世看透了李斯，一份申诉书很难改变秦二世对他的印象。也可以说，沙丘之变，已经给李斯埋下了祸根。
此外，在秦二世已经很苛刻残暴的情形下，李斯还上书秦二世，要他严于督责，“故督责之术设，则所欲无不得矣。群臣百姓，救过不及，何变之敢图”。秦二世听了李斯的话，也就更加苛刻残暴，“刑者相半于道，而死人日成积于市，杀人众者为忠臣”。你既叫秦二世要严于“督责”，怎么指望他只督责别人，独独地将你放过去呢？你李斯也是聪明之人，怎么没有想到秦二世有一天会用你教给他的办法来对付你呢？
若问，为什么《谏逐客书》能让秦王（秦始皇）改变主意收回成命，而这份申诉书却可能无效呢？这是因为两者有三点不同：一、对象不同。前者是写给要打天下的秦王，而后者写给已坐天下的秦二世。二、内容不同。尽管上书都是为了自己，但毕竟前者表面上全是为秦王着想，讲的是打天下的道理，而后者只是在强调自己立下了不世之功，缺少为秦二世着想的成分。三、时机不同。前者写在打天下之前，后者写在打天下之后。
