不同的蘑菇应该有不同的烹饪方法，才能更好地保住蘑菇的营养。
平菇——手撕
平菇可以和蔬菜、肉类甚至鸡蛋一起烹炒，还可用来做汤。平菇不宜用刀切，而是最好用手撕成合适大小，这样口感好且更有利于蘑菇鲜味的释放。
草菇——大火爆炒
草菇最好爆炒，时间还要短一些，以减少维生素C的损失。入锅前，可先在草菇菌盖上划个十字形刀口，更容易入味。
金针菇——菌盖做汤，菌柄剁馅
金针菇盖滑、柄脆、味鲜，最常见的吃法是拌凉菜或涮火锅。金针菇的下半部分膳食纤维含量高，口感较差，烹饪时可一切为二，上半部分可做汤、炒肉，下半部分可剁碎做馅儿，这样既不浪费，口感又好。
香菇——干香菇炖肉，鲜香菇炒菜
干香菇在烘干过程中产生了大量芳香物质，因此香味更浓，适合炖肉。而鲜香菇味淡，口感比较清爽，和素菜一起烹炒更好。在泡干香菇时，时间不要过久，20——40分钟为佳，否则其香味和营养都会流失。
杏鲍菇——炒肉或炖汤
杏鲍菇肉质肥嫩，香味浓郁，对烹饪时间长短没有特别要求，因而无论是炒肉还是炖汤，都不会影响其营养和口感。
猴头菇——清炒
猴头菇味道较淡，炖肉时口味会受肉味影响，炒菜时又会被蔬菜左右。因此，猴头菇最适合用来清炒。猴头菇略带苦味，喜欢这种味道的可以直接洗净烹饪，若要去除苦味，洗的时候将其在水中汆一下，苦味会随之流失。
双孢菇——炖鸡或炒菜
孢菇是一种世界性栽培和消费的菇類，欧美人常在制作披萨时加入这种蘑菇。双孢蘑菇炖鸡、炒菜都不错，还可用来制作罐头。