吐峪沟石窟寺遗址位于新疆鄯善县高昌故城东约15公里处，是古代丝绸之路的重要一站，它凿建于火焰山东段吐峪沟两岸，沿沟谷两侧南北约500米范围之内错落排布，现存洞窟总计为94个，编号洞窟46个，保存了公元3—9世纪的珍贵佛教壁画，是吐鲁番地区开凿最早、规模最大的佛教石窟群，受到考古学界的重视。
自2010年3月开始，中国社会科学院考古研究所和吐鲁番学研究院及龟兹石窟研究院联合对吐峪沟东区、西区北部石窟和一处地面佛寺等进行考古发掘，其中发现的大量文物及洞窟形制和壁画也证明了这里曾是中原佛教文化与西域佛教文化的最早交汇处。因此这片遗址被列为“2010年中国六大考古新发现”，并作为丝绸之路（新疆段）的一部分申报世界文化遗产。
汉文化和西域文化交融的标志
每一个石窟寺都是一系列精美建筑、雕塑、绘画艺术的有机组合。吐峪沟石窟由东区、西区及霍加麻扎组成。现存石窟基本保持了原有的整体布局形态，洞窟形式丰富多样，壁画遗存反映出多种文化对高昌石窟艺术的影响，是我国佛教艺术的珍贵实例。
吐峪沟石窟寺从窟制上看主要有三种窟形：纵券顶窟、中心柱窟和方形佛坛窟，其中纵券顶式石窟，造型近同吐鲁番地区常见的居民屋宇，窟分前后室，所谓后室，只是一处十分狭窄的小洞，是僧人坐禅用的“洞天”，称为禅窟；方形窟地面往往有佛坛；中心柱窟，用佛教的观念，也可以称之为“礼拜窟”。巨大的塔柱，将洞窟一分为二，前后形若两室。甬道可供僧侣、信徒回旋礼拜。他们虔心奉佛，入窟后右旋而行，绕塔瞻仰佛像，领会本生壁画，接受佛教知识教育，聆听法师教诲，以求得到佛法的真谛，获得灵魂的洗礼。
佛像是中心柱窟主要的题材，几乎画满窟中各壁，在方形窟中也有以千佛布列四壁的，千佛的造像在鼻眼上往往不提白粉，不做凸凹晕染，仅以线描画出具有汉人五官特征的形象。窟甬道顶上有忍冬、鳞纹、团花等纹饰带组成的仿汉式木构建筑，整齐规矩中见繁缛富丽，中土汉风的影响显而易见。
石窟寺内壁中央大多绘有佛教本生故事画，尚可辨认的壁画内容多为内地汉人所熟悉，如“羼提婆利忍辱截割手足”、“摩钳太子求法赴火”、“慈力王施血饮五夜叉”、“萨那太子舍身饲虎”和“毗楞竭梨王身钉千钉”、“尸毗王割肉贸鸽”等题材，与龟兹莫高窟的单幅画有较大的不同，每幅壁画旁有汉文题记。
窟制、佛像、壁画的特点显示出吐峪沟石窟寺浓厚的汉文化影响。在唐以前，吐峪沟石窟寺所在的高昌古国就“国有八城，皆有华人”，是汉文化与西域文化第一个交汇之地，也是汉文化深入西北最西的地方。西域文化通过高昌传入内地，内地文化又通过高昌传向外域，而两者初步结合便产生了高昌特色的文化。
另据唐代文献《西州图经》记载，吐峪沟石窟群中的丁谷窟除“有寺一所”外，还有“禅院一所”。这里的“禅院”应该是指唐代中期后，在佛教中兴起的“禅宗”的宗教活动场所。“禅宗”是汉传佛教的主流，其核心思想是“不立文字，教外别传；直指人心，见性成佛”，大大降低了民众参佛的门槛，初起在广东、湖南、江西等地，但势力很快地在全国扩展，“禅院”的出现证实了西州境内就已经受到内地禅宗佛教的影响。
石窟寺荣衰的幕后主角：高昌政权
据考证，吐峪沟石窟寺的主要兴建时间在公元443-460年之间，这段时期的高昌正处在五代十国北凉政权的统治之下，作为石窟寺的主要赞助人，高昌北凉政权的兴衰成为石窟寺荣枯的幕后主角。
北凉政权在统治河西时期，已在高昌设郡进行统治。至沮渠蒙逊之子沮渠无讳、安周时，高昌变成了北凉政权的统治中心。北凉统治高昌的前后十八年，对高昌佛教的发展起到了非常重要的作用，吐峪沟石窟寺遗址是当年高昌城文明的一部分，其昌盛与衰微都与高昌北凉政权的存亡关系至密。发现于高昌故城的《且渠安周造寺功德碑》曾记载：“按十六国春秋，蒙逊时代，即尊弘事佛，礼接昙无谶。又于凉州南百里崖中，大造法象。茂虔尤喜文学，张淇、阚细之徒，并为显官。故安周已挹其余风，虽身处穷域、尚能造像勒碑，恢宏释教。”这段文字肯定了一个事实，即北凉王沮渠安周信奉佛教，曾在“百里崖中，大造法象”，吐峪沟成为沮渠皇室在高昌的造像集中地。
北凉灭亡后，到麴氏高昌时，沮渠皇室对佛教的重视只增不减。吐峪沟出土的《大慈恩寺三藏法师传》卷一记载高昌王麴文泰与玄奘的一段故事。高昌王麴文泰笃信佛法，听闻大唐高僧玄奘西天取经要路过高昌国，非常激动，他盛情款待了这位慕名已久的高僧。为了把玄奘留在高昌，麴文泰用尽了办法，甚至想出了嫁女儿的主意，想让玄奘成为北凉的乘龙快婿。玄奘不得已只好用绝食来表明取经的决心，麴文泰无奈只好放弃。基于这段往事才有了后来《西游记》演绎的西凉国皇室欲为唐僧招亲的故事。在玄奘临行前，麴文泰准备了充裕的金银与华服，训练了一批小沙弥辅佐玄奘西行。临别之时，二人郑重约定，玄奘取经归来仍要经过高昌。由此可见鞠氏高昌对于佛教重视。
17年后，玄奘从印度学成归国，仍取道北路，翻雪山，涉流沙，履行与麴文泰的约定。他不知道，就在唐贞观元年（公元627年），麴文泰自恃距唐遥远，中间又有大漠阻隔，勾结西突厥贵族，阻隔西域与中原的交通，公然与唐王朝为敌。唐太宗派遣吏部尚书侯君集，于贞观十四年率师数万攻灭高昌王国，麹文泰身死，唐以其地改设为西州。佛教也就此失去了高昌政府的狂热支持。
唐代的吐峪沟石窟继承了高昌政权建造的佛窟规模，并有修缮。在敦煌遗书《西州图经》中有记载：西州佛院重重，雁塔林立、高梁横跨、绿荫纷纷、香火缭绕、梵呗齐鸣，这其中犹以丁谷窟寺最为闻名。如此数百年的经营和繁盛使吐峪沟石窟荣登东疆第一宝窟之位。至公元15世纪时伊斯兰教越过葱岭进入佛教艺术兴盛的南疆后，取代佛教成为西域地区的主要宗教，吐峪沟石窟遭才被废弃。
屡遭破坏和劫掠
吐峪沟石窟在唐代以后毁坏严重，依现存有限的九窟建制、壁画和佛寺遗址的情况，除能大体了解吐峪沟自十六国北凉迄于唐代数百年的发展概况外，已难以找寻繁盛时期的“梵呗齐鸣”景象，这除了宗教兴替外，还因为地震及海外探险队的盗掠。
19世纪末20世纪初，吐鲁番地区就被欧洲及日本的各种文化探险队、考察团频繁光顾，先后有俄德日英等国探险队深入拜城、库车、吐鲁番等地，先是进行测量、绘图、拍摄和考古发掘，然后疯狂盗运。对吐峪沟考察次数最多、劫掠文物也最多的是德国人勒柯克和格伦威德尔，从1902年到1914年，他们曾先后4次到吐鲁番。勒柯克1905年第一次来到吐峪沟就剥割了这里最精美的壁画，并找到了沟东一间密室（后称“手稿窟”），拿走了满满两麻袋文书和许多“惊人的刺绣品”。1907年，格伦威德尔再次来这里进行测绘、拍摄和临摹。洗劫之后，吐峪沟石窟变得更加千疮百孔，一片残破。
另外是地震等天灾的袭击，据历史文献记载，吐鲁番地区属地震常发区，而且震级多在六级以上，每一次强烈地震的发生，都会带给位于峭壁上的石窟以毁灭性的灾难。特别是1916年左右的一次大地震，几乎百分之九十以上的东西被盖在地底下。
目前，吐峪沟石窟寺发掘的已告一段落，专家表示：未来吐峪沟石窟寺的发掘将对整个新疆石窟寺遗址的发掘及保护、管理起到示范性的作用。
