洋葱不建议放到冰箱冷藏。在冰箱冷湿的环境下，洋葱内的淀粉会转换成糖，会加速洋葱变软变湿。此外，洋葱味道大，会导致冰箱内的食物沾染上洋葱的味道。如果想把洋葱放在冰箱冷藏，可先用保鲜膜把洋葱封好再放入冰箱。
如果要想储存洋葱，可以把洋葱装在网袋内，或者放在一个碗里面，置于厨房中阴凉、干燥、通风的地方。美国农业部建议，将洋葱保存在华氏45度(摄氏7.2度)至50度(摄氏10度)环境下，略高于冰箱冷藏室温度，那样就可以保存一个月以上。
在切洋葱时，如果想要减少被刺激而流泪的概率，美国国家洋葱协会给出建议，可先把洋葱冷藏30分钟，再切掉顶部，并剥离洋葱外层。确保洋葱根部完整，因为那里含有大量硫化合物，会导致眼睛水汪汪。