近年来，日光温室番茄，随着栽培面积的增加、连作年限的加长，各种病害的发生也日趋严重，病毒病、叶霉病、青枯病、早疫病、晚疫病、灰霉病、番茄根结线虫病等病害发生普遍、不断蔓延。
从调查情况来分析，造成日光温室病害迅速发生、传播和蔓延的原因是多方面的，主要原因是消毒不严格，通风不及时，造成温室内高温高湿或低温高湿环境，病害发生后药剂防治不及时、用药不当等。因此，在防治上必须采取预防为主、综合防治措施，确保番茄生产达到优质、丰产、高效。
一、农业防治
1.选用抗病品种。选择对当地主要流行病害具有较强抗性又适合于温室栽培的优良品种。
2.合理轮作倒茬。番茄不宜连作，最好与非茄科作物实行3～4年的轮作，以有效防止病原菌借助土壤传播。番茄日光温室的上下茬可选择韭菜、芹菜、黄瓜、豆类、西葫芦等，应坚持进行轮作倒茬。
3.严格消毒程序。种子消毒、育苗床消毒、温室消毒、土壤消毒、人员及工具消毒。工作人员的手接触到病株，尤其是病毒病的病株后，应用肥皂将手洗净再接触健康株。所使用的工具、手套等接触病株后，也应洗净晾干或暴晒后再使用，以免相互传染。
4.加强田间管理。①苗床管理。加强苗床管理，培育壮苗，可抑制病害的发生，尤其是幼苗出土后要及时通风透光，降低苗床湿度，齐苗后及时浇水，幼苗长至2～3片叶时及时分苗，均能有效防止立枯病和猝倒病的发生。②定植后的管理。当空气相对湿度在80%～90%时，早疫病、晚疫病、叶霉病等迅速蔓延，发病率均在40%以上，而长期处于空气湿度60%以下的植株，发病率只有13%。因此要采取各种措施，防止形成高湿环境，应将空气相对湿度控制在60%，尤其是光照不足的低温季节，更应注意不要造成低温高湿的病害发生有利条件。管理中采取以下措施：采用主垄地膜栽培来提高土温，减少土壤水分的蒸发。严格控制灌水，有条件的地方尽量采用滴灌，切忌大水漫灌。阴雨天不能灌水，灌水后要及时通风降温。规范田间操作，及时进行整枝打杈、吊秧、清除植株下部老叶，以利通风透光。打杈最好不在清晨有露水时进行，避免病虫的传播。在田间发现中心病株时应及时拔除，并集中烧毁或深埋，减少侵染源。在外界气温较低的冬季，通风应反复多次进行，避免室内温度变化剧烈，影响番茄的正常生长发育。合理施肥，改善番茄的营养条件，提高抗病能力，减轻病害损失程度。
二、化学防治
（一）采用化学防治应注意的问题
1.正确使用农药。应使用高效、低毒、低残留的农药，严禁使用剧毒农药。严格按照农药说明书上规定的使用方法和浓度用药，切不可擅自增加使用浓度，并保持安全间隔期。
2.定期更换农药品种。为避免病菌产生抗药性，应将具有同种功能的农药交替使用。在一个生长季同一种农药使用次数最好不要超过3次。
3.以防为主，认准病害，对症用药。对于大部分病害，现有农药中多数预防效果好，治疗效果差，因此，应在病前或发病初期及时用药，如在病害大面积蔓延后再喷药，则往往防治效果不佳。
4.注意喷药时间。喷药应避开阴雨天和晴天早晨有露水时，且应力求叶面叶背喷匀。
（二）病害的化学防治方法
1.病毒病。可采用绿芬威1号可湿性粉剂1000倍液、20%病毒A可湿性粉剂500倍液等喷施，并注意防蚜灭蚜。有条件的地区，在番茄2叶1心时用弱毒疫苗N14、S52接种，可预防病毒病，或发病初期用1.50%植病灵水剂800～1000倍液，或0.15%高锰酸钾液，或5%菌毒清500倍液，每7天喷1次，连喷3次。
2.细菌性病害。细菌性病害主要是青枯病，可用72%农用链霉素4000倍液灌根，每株灌300～500毫升，隔10天灌1次，连续防治2～3次。也可用抗菌剂401的500倍液灌根。发病严重的病株拔除后，可在空穴内灌链霉素，并撒上草木灰或生石灰。发病初期用硫酸链霉素或农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或25%络氨铜水剂500倍液，或50%莱来特可湿性粉剂600～800倍液，或50%DT、60%DTM可湿性粉剂500倍液及农抗“401”500倍液等灌根，每株灌药液0.30～0.50千克。
3.真菌性病害。真菌性病害包括早疫病、晚疫病、叶霉病、灰霉病、枯萎病、斑枯病以及猝倒病、立枯病等。可选用70%代森锰锌可湿性粉剂400～500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500～600倍液、75%甲基托布津可湿性粉剂500倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂800～1000倍液等喷雾。发病初期就应对症选药，隔7～10天喷1次，连续喷2～3次。