生物体内的有机物在细胞内经过一系列氧化分解，最终生成二氧化碳或其他产物，并释放出能量的过程，叫作呼吸作用。呼吸作用与果树生理活动过程有极其重要而密切的关系。呼吸作用与光合作用共同组成了绿色植物代谢核心，果树通过光合作用捕获太阳能，合成有机物，通过呼吸作用将有机物氧化分解，释放能量用于生长发育。呼吸作用既可促进有机物质转化和能量代谢，促进生长发育，但又是消耗有机物的过程。合理控制呼吸有利于提高果树产量和质量。
果树生长过程中，如果光照不足，温度过高，特别是严重遮光情况下使下层叶片光照处在光补偿点以下，叶片制造的有机物满足不了呼吸消耗，果树体内有机物消耗过多，就会导致减产，而这类叶片就成了养分消耗而不是养分制造器官。
同样的道理，枝条通过光合作用制造的有机物多于呼吸作用消耗的有机物，这个枝才有养分积累，才是有用枝；如果这个枝被严重遮光，其通过光合作用制造的有机物不能满足（或刚好满足）呼吸消耗所需，它就是一个寄生枝（无用枝）。
在适宜条件下，光合速率比呼吸速率高30倍左右。而正常情况下呼吸消耗占光合作用的15%～25%，在不良条件下甚至达到30%～50%或更多。这说明，把呼吸作用控制在合理范围内以提高光合效率，可大幅度增加果树产量。
以下，我们从四方面谈谈如何通过栽培措施控制呼吸作用，提高光合效能，保证果树产量和果品质量。
1）栽植方向。双矮栽植是目前推行的栽植模式。一般矮化中间砧采用M26，长度15～ 20 cm，露出地面3～5 cm，株行距最小1.5 m× 4 m，栽植密度大。有些果农根据地形确定栽植行向，造成栽植行向多样化。其实，栽植行向对果树光照影响很大。南北行向的树，午前阳光主要照射在树冠东侧，午后阳光照射在树冠西侧，树行两侧受光比较均匀；东西行向的树，树冠南侧得到较多的光，而北侧受光时数不足南侧的2/3。由于双矮栽植模式树冠较高，株距小，形成一堵密不透风的遮光墙。南边一行树遮住了北边一行树下半部分的光照，会造成北边树体下半部分枝叶成为寄生器官，因为被遮光的叶片也要呼吸，增大呼吸消耗，降低光合效能。故而我们还是提倡南北行向栽植。通过正确的栽植行向，可以改善整个果园光照条件，以此来提高光合产物的积累。
2）整形修剪。通过合理的修剪可以有效改善树体光照，取掉寄生枝，使果树枝枝见光，每个枝都有养分积累，避免产生重叠枝等影响树体通风透光，降低无用呼吸消耗。采用双矮模式栽植的幼树，一般要求取掉直径超过主干1/3的主枝，大主枝多时逐年取掉1～3个，简化侧枝，单轴延伸，不能短截。大树留20～30个主枝，以行距定树高，树高不能超过行距，取掉主干上太强的大主枝，个别太粗的侧枝也要取掉，以免影响光照。整形完成后，树体呈现上部窄、下部宽的形状，主枝长度小于行距的1/4，留中小枝，短截或回缩时一定要把枝拉到水平以下。每枝每天接受光照的时间必须超过2.5小时，这样才能积累有机物质。
生长期摘心可使枝条营养生长转变为生殖生长，因为梢部叶片含有生长素，去掉它可使枝条梢部暂时性停长，叶片通过光合作用把制造的碳水化合物供应生殖生长所需，同时还可以促发枝组。
修剪时减少机械损伤可以避免呼吸作用增强。因为机械损伤会使细胞内呼吸酶与底物接触，生物氧化过程加强；伤口附近未受伤的细胞会转化成具有分生能力的细胞以形成愈伤组织；会刺激乙烯的生成。受伤组织的细胞呼吸速率会显著提高。
3）水肥管理。持续高温干旱可造成果树体内水分亏缺，酶的水解活动加强，淀粉水解为可溶性糖，使呼吸底物增加，呼吸速率提高，净光合率降低。夏季午后高温会使光合作用暂停或明显减弱，而呼吸迅速增强。为有效降低呼吸对果树的消耗，可结合果园生草改善果园小气候。由于绿肥作物对土壤理化性状的改良，土壤中的水、肥、气、热表现协调，果园空气湿度提高，夏季高温时节果园比较凉爽，避免了高温造成的呼吸增强，维持正常的呼吸。绿肥作物对土壤墒情的保持，主要是通过减少行间土壤水分蒸发和吸收、调节降雨中地表水的供应平衡，生长旺盛时刈割覆盖树盘保持墒情来实现的。
合理的肥水条件会使光合效率提高，呼吸消耗比例降低，所以要根据果树各阶段不同的需肥特征施肥。苹果树在新梢生长、花期和幼果生长期需要大量氮素营养，进入6月下旬以后氮素需要量减少，花芽分化和果实膨大对磷、钾的需求量逐步增加。8月份果实膨大至上色，对钾的需求量迅速提高。钙元素在苹果幼果期达到吸收高峰，占全年总需求量的70%。对镁的需求量随叶片生长而逐渐增加，并维持在较高水平。花期对硼元素的需求量最大，其次是幼果期和果实膨大期，花期是补硼的关键时期，可提高坐果率和果实品质。锌元素在发芽期需要量最大，必须在发芽前补充。
如果有条件，建议采用水肥一体化技术。这是将灌溉与施肥融为一体的农业新技术，是借助低压灌溉系统（或地形自然落差），将可溶性肥料与灌溉水一起，通过滴灌设施形成滴灌，均匀、定时、定量地输送到作物根系生长区域，使根系土壤始终保持疏松适宜的含水量。同时根据果树的需水需肥规律，把水分、养分定时、定量，按比例直接提供给作物。
4）病虫防治。果树感染病害以后，可引起代谢过程发生一系列的生理变化，如水分平衡失调、光合效能降低、呼吸作用增强，最后出现病状。所以，科学预防病虫危害，也是降低呼吸的有效措施。