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自2006年新三板市场建立以来，投资者身份问题几经变革，起初无论机构或自然人只要在主办券商营业网点开户，就可以进行挂牌公司股票交易。2009年6月29日，证券业协会发布《关于自然人投资者买卖中关村科技园区非上市股份有限公司挂牌股份有关监控业务的通知》，通知规定“自然人投资者只能买卖其在代办股份转让系统持有或曾持有股份的挂牌公司股份”。也就是说，新三板投资者除了已在场内的自然人，将全部由机构投资者构成。
目前在资本市场上非常活跃的机构投资者当属合伙制私募基金。合伙制私募基金是有限合伙人以出资额为限承担有限责任，普通合伙人负责管理并承担无限责任的基金组成方式，在欧美国家已经相当普遍，著名股神巴菲特掌管的基金就是合伙制私募基金。在合伙制私募基金能否投资新三板市场股票的问题上，市场相关各方还都存在一定的困惑。本文认为，综合多方面的情况，合伙制私募基金完全可以投资新三板市场，具体原因如下：
法律法规已并无障碍
我国合伙制私募基金长期以来对“有限合伙”的尝试只能打擦边球，有的到境外(如香港)设立再转投国内市场。2006年8月全国人大常委会修订的《合伙企业法》设专章规定了“有限合伙企业”，立法者的“立法说明”开章明义地指出，有限合伙“这种组织形式主要适用于风险投资，由具有良好投资意识的专业管理机构或个人作为普通合伙人，承担无限连带责任，行使合伙事务执行权，负责企业的经营管理；作为资金投入者的有限合伙人依据合伙协议享受合伙收益，对企业债务只承担有限责任，不对外代表合伙，也不直接参与企业经营管理。根据我国建设创新型社会的需要，为鼓励推动风险投资事业发展，草案增加“有限合伙的特殊规定”一章。实际上，此次修订的最大成果就是有限合伙制度的确立，从而为境内合伙制私募股权投资基金的发展提供了又一个发展路径。
2009年12月底，证监会发布了新的《证券登记结算管理办法》(以下简称《办法》)，修改后的《办法》规定“投资者，包括中国公民、中国法人、中国合伙企业及法律、行政法规、中国证监会规章规定的其他投资者”，从此打破了此前合伙制企业不能开设证券账户的限制，为合伙制私募基金打开了一扇大门。
2009年6月12日，中国证券业协会颁布了《证券公司代办股份转让系统中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让试点办法（暂行）》，其第六条明确规定“参与挂牌公司股份报价转让的投资者，应当具备相应的风险识别和承担能力，可以是下列人员或机构：（一）机构投资者，包括法人、信托、合伙企业等……”。
从上面三个法律法规的具体规定来看，我国各项法律法规均已经为合伙制私募基金投资新三板市场打开了大门。并且，从法律法规逐步细化、环环相扣的趋势来看，立法者和监管层事实上是在不断鼓励合伙制私募基金扩大投资领域。虽然具体细节上可能还有一些不够完善的地方，但是合伙制私募基金投资新三板市场已经没有大的法律障碍。退一步讲，即使严格来看，法律虽然没有明确规定合伙制私募基金是否可以投资新三板市场，但是，民法的基本原则是“法无明文禁止皆可行”。法律没有禁止合伙制私募基金投资新三板市场，那么就是可以投资的。因此，无论是根据法律的具体规定还是总的原则，合伙制私募基金投资新三板市场完全是符合法律法规的。
主板市场已形成示范
毋庸讳言，目前新三板市场还处于草创阶段，法律和监管体系仍然还不够完善，很多问题还没有明确规定。因此，遇到法律不明确的问题，新三板市场有一个重要原则，即“参照主板规定执行”。而合伙制私募基金投资主板市场上已经开闸放水。2007年11月9日，中国最大规模的合伙制私募股权投资基金（PE）——深圳市东方富海创业投资企业（有限合伙）在深圳成立，并已经成为同洲电子、朗科科技、汉方制药、彩虹化工等公司的投资者。2010年3月24日，由银河财富资产管理有限公司管理的银河普润合伙制私募基金产品正式诞生。2010年4月1日，国内首家以自然人为普通合伙人发起设立的合伙制私募基金——宝赢基金正式在上海虹口挂牌成立。合伙制私募基金正在不断加快投资主板市场。因此，新三板市场完全可以参照主板市场，允许合伙制私募基金投资。
新三板市场具有较大的投资空间
相比主板市场平均40-50倍的市盈率来讲，新三板市场的特点是企业经营风险较高，但市盈率较低，很多公司的市盈率还在10倍以下徘徊，加之经过在新三板辅导培育，目前已IPO的粤传媒（002181）、久其软件（002279）、世纪瑞尔（300150）、北陆药业（300016）、佳讯飞鸿（300213）和紫光华宇（10月10日完成申购）的投资示范效应，对于私募基金来说新三板市场有较大的吸引力。
综上所述，合伙制私募基金投资新三板市场已经完全没有法律障碍，也有主板作为示范，也完全符合社会发展的需要。因此，仅需在新三板市场上等待主管部门完善相关制度细节，积极迎接合伙制私募基金。