朱元璋少年時代披过百衲衣，做过游方僧，而且一干干了八年。这八年里朱元璋信佛？只有天晓得。但有一点可以肯定，在中国思想意识形态领域的三大教中，朱元璋最早接触的无疑是佛教。而从皇觉寺出来投奔农民军的经历来看，什么算命啊、占卜啊，这些已属于中国道家或佛道混一的内容了。从攻占滁州前后起，朱元璋军中的儒生不断增加，由此他对儒家的了解也就越来越多。面对原有的信仰和新接受的思想，他该有着何种精神信仰倾向？
元至正十六年（1356）攻占元朝江南重镇集庆后，朱元璋曾亲自到城南的龙翔寺去听怀信住持说n法，当场赞扬怀信大师的德行，并将龙翔寺改名为大天界寺，还派人帮助大天界寺去催门拖欠的田租。当时南京还有一位高僧叫慧昙，住在保宁寺，朱元璋知道后也曾风尘仆仆地前去拜访交谈，而后让慧昙出任太平兴国寺住持，再以后改主大天界寺。由此可以说，在大明开国时朱元璋对佛教还是相当崇信的。
洪武元年正月，即大明开国的当月，洪武帝朱元璋下令设立善世院，“以僧慧昙领释教事”，即任命江南名僧慧昙为大明帝国佛教事务总官长。但随着统一战争的不断取胜，大明帝国的版图越来越大，宗教信徒与宗教事务也急剧增多，原来的善世院机构已经无法满足时代的需要。于是在洪武十五年（1382）朱元璋下令将中央的善世院改为僧录司，掌管天下佛僧之事;在地方府、州、县新设僧纲司等，“分掌其事，俱选精通经典、戒行端洁者为之”。中央“僧录司左、右善世二人，正六品;左、右阐教二人，从六品;左、右讲经二人，正八品;左、右觉义二人，从八品’、地方府设僧纲司，掌本府僧教，设都纲一人，从九品;副纲一人，未人流;州设僧正司，僧正一人;县设僧公司，僧会一人，俱未入流。
除了政治上关注和重视佛教外，朱元璋还在经济方面保护佛院寺产，不断下令赐以田地、芦场等给寺院，“禁治诸色人等，毋得轻慢佛教，骂詈僧人，非礼搅扰’、
至于佛教传播与佛法弘扬方面，朱元璋则表现出来更大的热情。洪武五年他命人召集天下名僧校勘《藏经》，这就是人们熟知的《洪武南藏》，位于明代四部大藏经之首，其他3部分别为《永乐南藏》《永乐北藏》《嘉兴藏》。除此之外，朱元璋还曾命令高僧宗泐和玘太璞等重新笺释《金刚经》《楞伽经》和《般若心经》等。
有一则明代流传很广的故事很能够说明洪武中前期朱元璋对佛教的迷恋与纠结。高僧玘太璞专心于禅学，据说《藏经》5400卷他都能背诵。皇帝朱元璋对他很是尊重，甚至可以说有几州令爱。有一次他问玘太璞：“一个人做了和尚，后来没做下去，他会受到怎样的报应？”玘太璞回答说：“会永堕阿鼻地狱。”朱元璋听后脸色顿时铁青，花了好长时间才喘过气来，再问：“你的这个说法有佛典出处吗？”玘太璞说：“有啊，在佛典《藏经》第几卷中就有这样的记载。”这时朱元璋的脸色更加难看了，侍臣都御史詹同看在眼里，开始责怪起玘太璞了：“你为什么要这样应对圣上呢，不可转转弯？”哪知道玘太璞也是个一根筋，听完了詹同的抱怨后，一字一句地又说开来了：“我玘太璞皈依佛家，一言一行都不敢违背教义，亦不敢欺骗圣上！”这时朱元璋似乎听到玘太璞与詹同之间的对话了，但他假装不知，让玘太璞再重复一遍。当玘太璞重复完后，朱元璋的脸色瞬间变成死人一般。沉默了好一阵子，他又问玘太璞：“照你的说法，联应当受到永堕阿鼻地狱的报应？”玘太璞说：“我刚才讲的是凡人，可陛下您是天生圣人，为天下黎民苍生之主，怎么能与凡人相同呢？”听到这里朱元璋顿时龙颜大悦，但严重的疑心病促使他不得不追问下去：“你的这个说法又是出于何部佛典？”玘太璞说：“出自《藏经》多少多少卷。”朱元璋还是不信，叫人去将佛经取来查阅，发现果然有这样的说法。这时他已经喜不胜收，对着大殿上的众大臣侃侃而谈了：“你们各大臣尽管都有才，但佛理经义方面可比不上这位高僧玘太璞啊，还有众大臣对皇帝的忠诚能与玘太璞相比吗？！”
不过从这个故事中我们也不难看出，童年时代的非正常人的生活给朱元璋的人生带来的影响有多大！换言之，朱元璋内心深处一直在纠结着：当和尚未善终会带来何等的报应？正因为有着这样的心理畏惧，洪武开国后，他尤其表现出对佛教的“关爱”。洪武元年秋，诏征江南名僧十余名在南京东郊的蒋山寺举行无遮法会;而后嫌做得不够好，洪武四年又诏征江南名僧在太平兴国寺举办规模更大的广荐法会，法会有1000多名僧徒参加，总计持续了3天3夜。皇帝朱元璋居然亲自带着文武百官前去礼拜，引发了人们的啧啧称奇。
除了崇信佛教及其礼法外，洪武早中期朱元璋还对一部分佛僧予以相当的信任与关爱。经常有僧人被他召人宫中秘密讲谈，称旨的僧人不仅被赐予金襕袭装，甚至还有人做起了大明朝的高官。像南京瓦官寺僧人华克勤、灵谷寺僧人吴印就因为受到洪武皇帝的极度赏识而被命令还俗，当起了朱皇帝的秘密特务;由于“功勋卓著”，前者被授职为山西布政使，后者被授职为山东布政使。和尚改行做大官，这实在是当时的一大怪事！也由此说明洪武早中期朱元璋对佛教的态度了。