农业部棉花专家指导组提出了《2016年棉花生产后期管理技术指导意见》。其中，针对长江流域棉区在棉花生长中期屡遭暴雨、高温等恶劣天气情况，提出以下几点意见。
1.追肥整枝 追肥。8月下旬至9月下旬，用0.3%磷酸二氢钾进行叶面追肥，每隔1周喷施1次。对缺钾、缺硼棉田，及时追施钾肥、硼肥，补充后期养分，防棉蕾脱落早衰。整枝。及时除去无效果枝，中下部老叶、赘芽，增强通风透光性，增加棉株上部成铃率和铃重，防止烂铃发生。
2.防灾减害 做好抗灾救灾预案，提前疏通棉田内外三沟，遇涝及时抢排棉田积水。如台风引起倒伏要及时扶理棉株，适时松土、培土，改善棉田透气性能。密切关注四代棉铃虫、红蜘蛛、棉盲蝽、烟粉虱等害虫的发生情况，视虫情及时用药防治。
3.催熟采收 在9月底至10月中旬，当80%以上棉铃达到45天后，选择气温在20℃以上的晴天，喷施乙烯利催熟。建议分两次进行，第一次喷棉株中、下部，1周后第二次喷棉株上部。对迟播晚发、秋桃多、贪青晚熟的棉田，或后期遇低温阴雨寡照、不能正常开裂吐絮的棉田，可喷施乙烯利，促进棉铃加快成熟。在子棉采收、晾晒、包装等环节，应坚持分收、分晒、分储、分售，杜绝“三丝”等异性纤维混入。