水培蔬菜夏季主要病害為十字花科软腐病、白锈病以及生理性缺铁，主要虫害为甜菜夜蛾、小菜蛾、蚜虫、叶蝉、斑潜蝇。为生产无公害的水培蔬菜，应对病虫害采取绿色防控措施。实践证明，采取农业防控、物理防控、生物防控等绿色防控技术可大大减轻病虫害对蔬菜的危害。
一、甜菜夜蛾、小菜蛾
1.物理防治。及时拔除棚内杂草，清除废弃菜叶，消灭成虫栖息的场所。成熟蔬菜及时采收，采收后的叶片、菜根及时清出大棚。安装昆虫性诱剂诱捕装置、黑光灯等诱杀成虫。
2.生物防治。可选用200亿个多角体病毒/克的甜菜夜蛾核型多角体病毒水分散粒剂15000倍液，或每亩用300亿个颗粒体病毒/毫升的小菜蛾颗粒体病毒悬浮剂60毫升、400亿个孢子/克的白僵菌可湿性粉剂25～30克、0.6%印楝素乳油100～200毫升喷雾防治。分别在移栽后3天、12天喷药，共喷2次。
二、蚜虫、叶蝉
1.农业防治。生产上优先选用丰产、优质和耐虫的蔬菜品种，如夏白、马耳白白菜较抗蚜虫和叶蝉；合理安排茬口，避免连作，实行轮作和间作；清除田间杂草，及时摘除作物老叶。
2.物理防治。采用黄板诱杀：利用蚜虫、叶蝉的趋黄性，在大棚内挂黄板诱杀它们，黄板下部距作物顶部10厘米，大棚内每100米挂8块左右的黄板。利用银灰色对蚜虫和叶蝉有较好的忌避作用，可在棚内悬挂银灰色塑料条，也可用银灰色地膜覆盖。
3.生物防治。对蚜虫和叶蝉防治效果好的常用生物药剂有10%烟碱乳油500～1000倍液，该药低毒、低残留、无污染，对环境友好。也可每亩用1%苦参碱可溶性液剂50～120克喷雾防治。
三、斑潜蝇
1.农业防治。摘除虫叶，培育无虫苗，清洁田园，蔬菜栽培安排进行合理布局。
2.物理防治。利用斑潜蝇的趋黄性，采用黄板诱杀。
3.生物防治。防治蚜虫的生物药剂也可用于斑潜蝇的防治。
四、软腐病
1.农业防治。选用抗病品种，合理安排茬口，避免连续种植十字花科蔬菜，及时拔除病株，适当降低种植密度，保持通风透光良好，提高植株的抗病能力。蔬菜采收后清洗种植管道和储液池，更换营养液，对种植管道和储液池进行消毒后再使用。
2.生物防治。可在营养液中加入5000倍液的氢氧化铜，随营养液循环杀菌。
五、白锈病
选择抗病的蔬菜品种，如细叶蕹菜，该品种具有较强的抗病能力；实行轮作，与非旋花科作物如白菜、生菜等轮作；增施叶面肥，促使植株生长健壮；发现中心病株及时拔除并集中处理；蔬菜收获之后清洗管道和储液池并消毒，更换营养液之后再进行下茬蔬菜种植。
六、缺铁症
加盖遮阳网，降低种植区气温，避免阳光直射储液池。每3～4天叶面喷0.02%～0.05%的螯合铁溶液1次，连续喷3～4次，或直接将螯合铁加入营养液中 。