跟踪审计是审计工作的延伸和扩展，是现代审计方法的创新。从国内实际情况看，跟踪审计的产生至今不到13年，目前还处于探索阶段。从理论到实务上，还有大量的问题需要通过实践来解决。跟踪审计是朱鎔基总理在1998年所做的《政府工作报告》中第一次提出的，他要求审计机关对“重大项目要进行专项审计和跟踪审计”；随后国务院办公厅于1999年在《关于加强基础设施工程质量管理的通知》中提出审计部门要依据《审计法》对国家拨款的重大项目进行专项审计和跟踪审计；2001年审计署制定《审计机关国家建设项目审计准则》明确要求对财政性资金投入较大或关系国计民生的国家建设项目，审计机关可以对其前期准备、建设实施及竣工投产的全过程进行审计监督：2009年温家宝总理在第十一届全国人民代表大会第二次会议上所作的《政府工作报告》再次强调“财政资金运用到那里，审计就跟进到那里”：紧随其后，国家审计署把对关系国计民生的特大型投资项目、特殊资源开发与环境保护事项、重大突发性公共事项、国家重大政策措施的执行试行全过程的跟踪审计写进了《审计署2008至2012年审计工作规划》中。由此不难看出，跟踪审计经历了从提出到内容、范围不断扩大的一个过程，也同时体现了国家对于跟踪审计的重视以及开展实施跟踪审计的意义。
一、基层审计机关开展跟踪审计的策略
(一)创新审计理念，全方位开展跟踪审计。跟踪审计是指国家审计机关依据法律法规和审计准则对审计单位、项目的财政财务收支及相关经济活动的真实性、合法性、效益性进行的一种监督活动。刘家义审计长指出，要从为什么审计、为谁审计、谁来审计、怎么审计等四个方面，切实树立“科学的审计观”，坚持监督与服务并重的理念。围绕关系人民群众切身利益的项目资金，关注国家重大政策措施的执行情况，揭示和分析存在的突出矛盾、问题和薄弱环节，有针对性地从完善制度和政策的层面提出意见和建议。基层审计机关要顺应形势发展需要，由事后的、静态的、微观的、批判性的传统审计向预防的、动态的、宏观的、建设性的现代审计理念转变，大力推广运用跟踪审计，凡具备条件的项目，都应积极开展跟踪审计。当前应重点向社保、农业、资源、环保、外资运用等专项资金审计拓展，特别是在重大投资项目、重大资源环境项目、重大民生专项资金审计中全面开展跟踪审计。要加强立项调查研究，紧紧围绕党委政府工作中心和经济社会运行中存在的突出问题，确定跟踪审计项目，精心组织实施，充分发挥“免疫系统”功能。
(二)完善配套制度和办法，推动跟踪审计规范开展。跟踪审计已经展现出强大的生命力，但由于仍处在初级阶段，规范化程度还不高。现行的某些制度和准则条款也影响和制约着它的发展。应加大创新力度，为其创造良好的制度环境。一是推行跟踪审计意见书。与传统审计形式相比，跟踪审计的最大优势在于能及时发现解决问题，堵塞漏洞。因此，应设立与跟踪审计相适应的文书载体，及时揭露问题，促进管理。从实践看，通过出具《跟踪审计意见书》一类的文书，及时揭露问题，向被审计单位提出意见和建议，可以起到边审计、边整改、边规范、边提高的作用，增强了审计处理的时效性，是具有跟踪审计特色的审计文书。经过一段时间的实践之后，可以将其纳入审计准则，作为法定审计文书使用。在目前可以作为过渡性文书使用，如遇到被审计单位不接受、不落实时，也可以通过下达审计决定书的方式进行处理。二是推行阶段跟踪审计报告。现在，跟踪审计的对象都是党委政府关心、社会群众关注的重要资金和重大项目，并且具有周期长、资金量大的特点，它们的运用和建设情况十分引人注目。如果等资金和项目审计全部结束后，才出具审计报告，则不能有效满足党委政府和社会各界的需求。因此，可以根据资金运用和项目建设过程，合理划分周期，出具阶段性审计报告，定期反映资金运行和项目建设阶段性状况和审计发现的问题及审计建议，在审计全部结束后出具最终审计报告，做到阶段性审计报告和最终审计报告的有机结合，以满足党委、政府和社会的需求。
(三)科学选择审计项目，列入当年项目计划。跟踪审计项目确定包括两个方面：一是合理界定项目范围；二是准确选择项目内容。项目范围内容的选择取决于审计的目标和理念，要从规范权力运行、财政资金运用等方面确定跟踪审计范围、内容。对于财政资金用于建设、维护、购置、重要活动事项和其他专项支出的，由于社会影响面大，既涉及经济效益，又有明显社会效益，广为关注，都应纳入跟踪审计范围。具体包括：城市基本建设、重大固定资产投资支出；国债资金支出：社会保障、医疗保障和农村合作医疗支出；救灾、救济、扶贫、以工代赈、扶困、优抚等资金支出；政府采购支出；国有资产变价收入及支出；财政各专项资金存款利息收入及支出；教育、卫生、科技专项支出：涉农、水利、林业、畜牧专项支出；其他重要活动事项支出。如目前应把促进中央扩大内需各项政策措施的落实作为跟踪审计的重点内容。对于财政资金用于人员工资及日常办公的行政经费，实行跟踪审计意义不大，一般不应纳入。
(四)创新审计方式方法，提高跟踪审计的针对性。资金运行和项目建设都有其自身的规律，因此，应根据资金和项目的特点不断创新跟踪审计的具体形式，最大限度的发挥跟踪审计的作用。一是阶段性跟踪审计。将资金运行、项目建设全过程划分为若干阶段进行跟踪审计。审计人员少与任务重是当前审计工作面临的主要矛盾，开展全过程“贴身”式跟踪审计难度较大。因此，审计机关应根据资金运行和项目建设周期，开展阶段性跟踪审计，以提高审计效率和质量。二是环节性跟踪审计。针对资金运行和项目建设的重点环节进行跟踪审计，其最大的特点在于贯彻了“突出重点”的原则，通过对重点环节发生的重要事项的监督，如对建设项目中征地拆迁、招投标、重要隐蔽工程、重大工程变更等重要事项以及重大资金筹集、工程款拨付等环节的审计，既能节省人力物力，又能保障项目审计质量。三是同步跟踪审计。是指派出审计人员常驻资金管理单位或工程建设现场，进行全过程不间断的跟踪审计，这一形式可以充分掌握资金运用和项目建设情况，最大限度的获得审计成果，但是投入审计力量较多，除特殊的审计项目外，一般不宜采用此形式。四是批量跟踪审计或行业、系统跟踪审计。它是对同一类型、同一行业或系统的所有建设项目全部进行跟踪审计。其长处是可以将一个或几个资金、建设项目审计中取得成果和经验扩大到同类型资金、建设项目审计中去，提高审计效率，扩大审计成效。
二、开展跟踪审计及应注意的几个问题
(一)围绕法规和审计工作职责，研究和制订开展跟踪审计的操作规范，规范和指导跟踪审计工作，促进跟踪审计实现制度化、规范化。通过制度规范跟踪审计的方式，使审计做到恰当介入建设环节，恰当发表审计意见和建议，正确处理审计发现的问题。当前任务是监督和评价，
如果包办代替建设单位的管理职能，审计工作就会陷入非常被动的境地。
(二)正确处理跟踪审计和一般审计的关系，制订切实可行的建设项目跟踪审计工作计划。跟踪审计适合重大政府公共工程的审计，对一般建设工程不可能也没有必要实施跟踪审计。同时这也是“全面审计、突出重点”的工作原则所决定的，是统筹审计资源，合理调配人员、降低审计成本的必要措施。
(三)研究和制订建设项目各环节效益评价体系。通过制订审计项目各环节效益评价体系，全方位对审计项目进行监督和评价，充分发挥跟踪审计促进项目管理、控制建设成本、提高投资效益的作用。
跟踪审计作为一种新的审计方式，基层审计机关在审计中逐渐采用，并为国家节省了大量建设资金和杜绝、揭示了一批贪污腐败行为，取得了明显的管理效益和直接经济成果。只要我们树立跟踪审计“免疫系统”理念，以科学发展观作为统领，努力做好“两个转变”，即：实现传统的查错防弊决算审计到跟踪审计的转变，从揭示和查处违法违纪问题到实现预防为主的免疫系统转变；坚持服务与监督并举。从投资管理体制、机制、制度、效益着眼，从各个重要环节着手，实现真实性、合法性审计与经济性、效益性以及效果性审计的结合；建立事前预防、事中控制、事后监督的“三统一”跟踪审计监督体系。
(四)跟踪审计要突出重点，量力而行。审计机关在跟踪审计时，要区别项目不同情况，明确审计目标，抓住重要环节，关键时点和重点内容开展审计。要结合各级审计机关的实际承受能力，积极稳妥，尽力而为，把握好尺度和分寸，有重点地开展跟踪审计。另一方面，要讲究跟踪审计方法。由于受审计力量限制和为了提高工作效率，可主要采取抽样审计方法，找准管理中的薄弱环节，明确审计重点，起到事半功倍的作用。
(五)审计机关开展跟踪审计要准确定位。要恪守《审计法》赋予的监督职能，把握好审计机关是监督者的角色定位，要依法独立实施审计监督，做到“到位而不越位、不错位”，不能替代建设单位和相关职能部门应负的职责，也不能混同于被审计单位的内审部门。要坚持在法定职权内开展跟踪审计工作，不能因审计介入时点提前，而去参与项目管理，这是违背审计监督的本意。
(六)对廉洁从审提出了新的更高的要求。对政府建设项目的跟踪审计是由审计机关组织进行的，跟踪审计项目一般持续时间长，参加跟踪审计的有国家审计人员和社会审计机构选派的协审人员，审计人员组成多元化，再加之跟踪审计对象的复杂性、特殊性，使得廉洁从审的防线拉长了，廉政风险增大了，廉政建设的任务加重了。需要强化廉政制度建设，加强内部控制，加大廉政教育，弘扬审计人员职业道德，使每位参与跟踪审计的人员自觉成为“守廉有责”的卫士，共同守住廉政建设的防线。
跟踪审计开创了审计工作的新局面，不仅使事后审计面临的一些问题得到了解决，而且大大拓展了审计的功能，在实践中彰显出它的优越性以及广阔的应用前景。作为基层审计机关我们要以科学发展观为指导，对跟踪审计进行积极的探索和研究，使其在理论上、制度上和实务上不断完善和规范。从而更好的为经济建设和改革发展服务，充分发挥审计的“免疫系统”功能。