倭寇在侵犯浙江沿海的同时，也严重地残害了福建各地。自嘉靖三十八年(公元1559年)春，胡宗宪以邻为壑，致使岑港败倭得以自柯梅转掠福建，以浯屿为据点，攻陷福清，分掠各地。这年夏天，新到倭寇又大举来攻福建。先掠福宁、连江、罗源，流劫各地。往攻福州，不克，又转破福安。福建参将黎鹏举曾率舟师在海上七星山、屏风屿等地挫败过倭寇。但倭贼势重，终未能平。其他各处福建官军，只能坐守，不敢击敌。这时，从广东窜来的倭寇又流劫诏安、漳浦一带。浙江流去的倭寇仍屯据浯屿，复移众南岛，到处掳掠。倭寇自从在浙江受到戚家军痛击，便日益向南发展，故福建、广东的倭势便更加猖獗了。福建“北自福宁，南及漳泉，沿海千里，尽为贼窟”(《戚少保年谱耆编》第3卷)，形势危急。福建巡抚游震得上疏朝廷，请速派浙江能将提劲兵来援。嘉靖四十一年(公元1562年)七月，胡宗宪乃命戚继光为上将，率本部正兵6000人，另以督府中军都司戴冲霄率部1600人协助，往援福建。
(一)援闽之役
福建境内倭寇的巢穴极多。最集中的，一是宁德境内的横屿，这是倭寇在福建经营多年的老巢；再是福清境内的峰头。新来之倭多屯集于此，连营数处，互为声援。戚继光提兵自浙江南下，横屿正当其冲。他听说福清官军与倭寇对垒，相持不下。而宁德日日告急，遂决定先克横屿，继往福清。
横屿是宁德县城东北海上的一座小岛，隔十里浅滩和大陆相望。这片浅滩，潮来成海，潮退泥洼。用陆兵攻打难于涉渡，用水师进攻则船将搁浅。倭寇已在岛上经营三年，筑城建垒，加固设防，经常驾小舟出外，饱掠而归，便龟缩岛上为非作恶。离海岸十余里的章湾村，是倭寇在陆上的一大据点。村民数千都为倭寇裹胁，被迫作倭寇的向导和哨探。明军稍有动静，顷刻便知。这帮倭寇自恃天险，气焰嚣张。
这年八月，戚家军开抵宁德。戚继光研究了敌情和地形，预作部署。首先下招抚令，免胁从之罪。使章湾以及黄坑、南埕的大批胁从分子接受招抚，以分化敌人，孤立横屿之倭。倭寇派遣李十板、张十一两人前来伪降，暗作奸细。但李、张二人见戚继光一意杀倭，对被迫从敌的百姓确实推诚相待，深受感动，便公开了自己的身份，甘愿为明军效劳。
八月七日，戚继光先遣兵两支分屯金垂渡和石壁岭，防敌逃逸，自率大军兵进章湾。成家军进村，不杀一人，不烧一房。曾经从敌的居民前来跪伏请罪，戚继光说；“你们既然离开倭贼，就又是中国的百姓。我既诚心让你们来归，定给你们一条自新之路。决不会因从前之过而断绝你们的从善之心”(《戚少保年谱耆编》第3卷)。这些人听后深受感动，表示愿为官军效力。经他们人山相劝，又有一千多胁从分子离倭来归，横屿之倭便更孤立。
次日五鼓，戚家军开赴前敌。戚继光留王如龙率兵两支屯港尾一带海岸边，截杀漏网之贼。而后用激将法作战前动员，召集部下军官说：“从这里往横屿，现在是落潮，到了对岸就会涨潮。因此，必须全歼敌寇，才能在对岸等落潮而回。否则就退无所归了。如果无此胆力，就不要过去吧，我实在不忍心离弃你们呢。”
众将激动起来，争着说：“我等不远千里而来，所为何事?难道能面对敌人而示胆怯吗!”
戚继光进一步激诸将说：“只怕力不从心啊!”
众将更加摩拳擦掌，跃跃欲试。
戚继光看士气已经鼓得够足的了，于是大声说：“果真如此，我当为诸位擂鼓助威!”
戚继光一声令下，戚家军列成鸳鸯阵势，冲向浅滩，每人背草一捆，铺在泥滩地上。壮士们赤裸上身，在阵阵军鼓声中，艰难地匍匐行进。每走百步，稍息片刻，待队伍齐整，再继续前进。终于排除天险，越过浅滩，到达对岸。
此时，岛上的倭寇早在沿山南麓一带列阵待战，还有大批倭寇据木城死守。戚继光命吴惟忠率部攻木城，陈子銮、童子明率部冲敌阵，陈大成率部沿山脚潜往敌人背后，准备前后夹击。戚家军背水大战，倭寇也知不战即死，故拼命相抗。双方恶战，只杀得天昏地暗，难解难分。
虎将王如龙在对岸，遥看形势紧急，大吼一声，挥兵杀过滩去。这支生力军一到，并力夹攻，倭寇支撑不住。大败溃逃。明军追歼败敌，刚过午后，岛上倭寇已经消灭干净，斩敌二千六百级。被倭寇盘踞多年的横屿岛，终于为戚家军一举收复。
次日，戚家军凯旋宁德，暂作休整。当时，福建地方后勤供应不上，戚家军物资生活十分艰苦。士兵屯居野外，八天不知盐睬。八月十五是中秋节，为鼓舞士气，克服物资贫乏的困难，戚继光召集数百吏士，口授所作凯歌。一唱一和，还配以合拍的鼓声。歌辞说：
“万人一心兮，泰山可撼。
惟忠与义兮，气冲斗牛。
主将隶我兮，胜如父母。
干犯军法兮，身不自由。
号令明兮，赏罚信。
赴水火兮，敢迟留?
上报天子兮，下救黔首，
杀尽倭奴兮，觅个封侯。
(《止止堂集》《横槊移》上)
这一夜虽然没有酒，戚继光却和三军以歌代酒，共赏明月，过得非常愉快。他们共庆胜利，尽欢而歇。
八月二十九日，戚家军开抵福清。原先屯据烽头的倭寇，在海口、东淡、大澳等处连营。听说明军大队将至，便联络通倭山寇共约数万人全部集中到福清县东南的牛田一带。倭寇的主要据点有杞店、上薛、牛田、西林、术岭、葛塘、新塘、闻读等处，形若棋布，势如长蛇，络绎三十多里。中间小路纵横，地形复杂。倭寇一点被攻，则各营可以相互声援，包抄明军。
戚继光来福清，初步了解敌情后，单骑直上大乌岭，�侦敌巢，制定作战方案。接着召集福建、浙江主客兵各路将领，歃血盟誓，解决戚家军和友军内部的团结问题，然后布置杀敌。九月初一，戚继光兵分三路：一路由戴冲霄统率，领兵六支，由锦屏山进攻；另一路为伏兵，命施明赐、童子明率兵二支，埋伏林木岭，以备倭寇抄袭。又命福建将领率兵屯伏田原岭、渔溪、上径，断敌逃路。戚继光自率一路，由锦屏山进攻。
戚继光率军出城时，受尽倭寇蹂躏的百姓相迎道旁，哭请戚家军立即剿敌。成继光虽然理解百姓的急切心情，但考虑到众人中难免混有敌人奸细，便故意说：“我兵远来，须养锐待时而动，非朝暮可计也。”(《戚少保年谱耆编》第3卷)倭寇听此消息，果然麻痹，放松戒备。
当夜二更天，戚继光便率军悄悄向杞店疾驰。到达倭营时，倭寇还正在蒙头熟睡。戚继光指挥军队暗暗围住敌巢。壮士朱珏奋勇先登敌营，把总王如龙用两肩一顶，朱珏就爬上去了，金科随后跟上。两人进去将敌营大门打开，倭寇方才惊醒。戚家军一声呐喊，直冲进去。敌寇懵懵懂懂，晕头转向，不及反抗，就被全部结果性命。
杞店之战，干净利落。戚继光又将队伍带回锦屏山驻扎。五更时，有七百名悍寇，骑兵在前，步兵随后，急急奔来，欲偷袭明营。戚继光已事先得信，伏精兵于山口待敌。倭寇进入埋伏圈内，战鼓一响，明军伏兵火铳齐发，大批敌人倒下。倭寇想跑，踩着明军事先放置的蒺藜等物，脚被刺破，行动迟缓。戚 继光听到鼓铳声，急挥大兵围敌。倭寇乱窜，还想拼死突围。戚继光率军封住山口，把总王如龙、胡大受等冲出杀敌。领头一个骑白马倭贼，赶忙取出大把碎金乱抛，想引诱明军拾金，好乘机开溜。戚家军全然不顾，赶上一刀砍掉倭头，余寇纷纷败退。戚家军且战且迫，乘胜直捣牛田倭寇大寨。
牛田倭寇匆忙列阵迎战。王如龙率正兵一马当先，吴惟忠、胡大受、张谏等率部，分兵两翼，包抄过去。戚家军势如狂潮，猛扑过来，倭寇哪里抵敌得住，败如山倒。戚继光率师一鼓作气；连破牛田、上薛、闻读等倭巢。这时，戴冲霄率领的从仓下进攻的一路兵也赶到，两路人马成犄角之势，夹攻逃敌。一路呐喊着杀去，直追至新塘，倭寇四散。明军分头追敌，又在阵中竖立白旗为信号，以收纳胁从。有数千胁从分子纷纷扔掉刀枪前来投顺。明军接连获胜，除瓦解敌寇数千名外，还生擒倭寇十名，斩首688级，其余被烧死者无数。
屯据西林、木岭的倭寇，见牛田大营倭寇溃败，望风丧胆，不敢迎战，会同残寇往上径桥逃去。阻守上径的由一名参将率领的福建兵，不相信戚继光一定会获胜，更没想到会胜得如此之快，毫无准备，竟被疯狂退来的数千败倭，一下将队伍冲散。幸亏戚家军迫来，救了他们的命，但残寇也漏网而逃了。
这股败倭逃至泉州惠安县的南辋。此地异常荒凉，抢不到食物；地势平坦，也无险可凭。倭寇又估计浙江兵不会久留，于是往回溜，在莆城县南20里的林墩，结巢据守。林墩四面阻河，直通海港。既易守，又便逃。倭寇知胁从分子不可靠，便不让他们住进林墩，只令出外充当哨探。在林墩巢中固守的四千多名倭寇，都是狡诈凶狠的死党。
九月十二日，戚继光得知确报，率师出发，在烽头、江口安营。为防止倭寇厨讯逃遁，戚继光命把总张谏、叶大正、金科、曹南金率兵1600人，限十四日五更前，必须赶往宁海桥设伏堵敌。到时如敌尚未逃，一听战鼓响，即配合大军夹攻。戚家军为麻痹敌人，开进莆田县城。戚继光表面上从容宴客，装作要休息数日的样子，一面迅速准备战斗所需物品。当天半夜，乘居民熟睡，戚家军快速整队，往林墩进发。行军15里，来到西洪，明月仍高悬天际。戚继光命士兵坐等月落，好乘黎明前的黑暗，再奔五里，直捣敌巢。
但是，戚家军却未料到上了向导的当。原来这个向导是通敌的奸细，故意留黄石大道让倭寇逃跑，却将明军带上西洪小路。这一带路溢泥泞，当戚家军艰难地走完最后五里路，近敌巢时，东方早白。敌人发觉，砍断小桥，剩下石板纵横，惟单身人勉强可过。倭寇集中精锐固守桥头。前哨官周能率众硬攻，不幸牺牲。地形太窄，使戚继光无法展开兵力。一次次地冲锋，血战后都退下来了。戚家军不惜牺牲，三退三进，正准备涉水冲过去。就在这时，预先埋伏宁海桥的张谏、叶大正、金科、曹南金等部1600人，听到战鼓声，赶来会战，从背后击敌。倭寇受挫，退回巢中，戚家军终于冲过河去。
敌巢近水，巷狭路曲，长兵器施展不开，双方短兵相接，白刃往还。倭寇大败，相互践踏，有一千多人落水淹死。余寇匆忙往黄石方向败逃，戚继光挥军一直追到窑兜。胁从之贼漫山逃散，戚继光放过他们，独率军紧追一股真倭不放。这股真倭被追急了，跑进一家窑灶厂死守。明军登上屋顶，用草木夹以火药投进烧敌。倭寇大乱，戚家军乘势杀人，全歼顽敌。这一仗，生擒倭寇26人，斩首960级，还有数千倭寇被烧死、淹死。救出被俘百姓2120人，戚家军也阵亡了哨官周能等69名壮士。戚家军获胜回城，官绅百姓，出城十里相迎。
十月三日，戚家军班师，兵抵福清。戚继光连日积劳，又加涉水着凉，生了病。还有数百伤病员也在县中调理。五日，东营地方来报，新倭300人，登陆后窜至葛塘屯据。县丞陈永恳请戚继光派兵剿杀。戚继光立即应允。次日黎明，戚继光先命陈大成等率兵二支埋伏上径桥，防止敌逃。然后兵分四路，由戚继光亲自督率击敌。陈永劝戚继光养病，不必前往。但戚继光仍坚持带病出征。哨探报，又来了三百余倭，已至牛田，离戚家军已很近，他于是决定先攻灭这一支倭寇。戚家军冲至牛田，敌正据守巢中，刀枪锋锐，甲胄鲜明。看来这股寇贼确是勇悍强壮。吴惟忠率正兵往里冲杀，倭寇并力拒抗，凶恶异常，官军败下阵来。戚继光抱病大喊一声说：“大敌都被我们全歼，难道还惧此小小逆寇不成!”说着跃马冲上前去。退阵之兵在主将行动激励下，重又冲将上去。这时，其余三路人马赶到，四围合击，终于杀得敌人大败。倭寇退据巢穴，登屋抛瓦死战。吴惟忠带伤奋勇冲锋，明军大队一拥齐入。顽抗之寇，立即被歼，巷中积尸数层。余寇躲在巢中，被放火烧焦。审讯俘虏，证以敌人书信，得知这支倭寇头目就是著名倭首双剑潭。此寇勇悍善战，多年来横行海上，在倭寇中素负盛名。这次他们是应原来屯据福浦乏倭的邀请，前来攻打省会福州的。倭寇准备来一万人，由双剑潭和杨松泉各率三百精锐打头阵。这个罪恶累累的寇匪，终于逃脱不了戚家军的正义惩罚。
杨松泉部倭寇在葛塘听到炮响，往上径桥奔来。陈大成等率伏兵冲杀，追到桥上。桥面太窄，双方兵力施展不开，不少倭寇挤跌桥下丧生，明军也有一些伤亡。陈大成抽兵下桥，倭寇立即砍断桥梁。此寇虽未被全歼，也吓得乘夜逃往海上。
不几天，登岸的倭寇越聚越多。他们一打听，得知原来福清之倭已被戚家军尽歼。又听说双剑潭等也被剿杀无遗，大惊失色，胆怯地说：“戚虎兵亦至此耶!我等不敢犯浙矣，何又来万里外杀我也!”(《戚少保年谱耆编》第3卷)从此，戚继光就在倭寇中得了个“戚老虎”的绰号。倭寇谈虎色变，闻风胆丧。先后登陆的倭寇已达一万多人，听说戚继光在此，不敢过分作恶，悄悄退往南方。戚家军这次援闽，转战千里，四战皆捷，但自己也有不少伤亡。加上水土不服，生病者达一半，能战之兵只有三千。天气已冷，寒衣未备。戚继光乃请福建官员坚壁清野，固守数月，自己先回浙江养息士卒，然后再来福建同倭寇决战。十一月初，戚家军班师。
(二)再下福建
福建倭寇听到戚继光已回浙江，高兴地说：“戚老虎已去，我们还怕什么!”又大肆猖狂起来。从北到南，到处流劫骚扰。嘉靖四十一年(公元1562年)十一月，一支倭寇攻陷寿宁、政和二县。另有六千精锐倭寇，竟攻陷了兴化。这是倭寇第一次攻破府治大城，福建震动。明廷对兴化失守深为不安，不久罢去巡抚游震得，起用谭纶为巡抚，又命抗倭名将俞大猷任福建总兵官。同时急调戚继光再次率军援闽。
戚继光回到浙江后，因援闽功，于嘉靖四十一年(公元1562年)十二月，升任分守台州、温州、福州、兴化、福宁等处副总兵，兼统水寨。参将、游击以下武官，俱听节制。戚继光上《议处兵马钱粮疏》，请募新兵，加旧部共需两万。并请备足粮饷器械，得朝廷允准。嘉靖四十二年(公元1563年)一月，戚继光接到援闽诏书。二月，又往义乌募得新兵一万多人，沿途一边训练，一边往福建开去。
攻陷 兴化的倭寇，在城中作恶两月，听说戚继光又要来福建，吓得于嘉靖四十二年一月底，匆匆放弃兴化，往东南奔去，屯据崎头。平海卫都指挥欧阳深率兵拒阻，与倭寇战，中伏牺牲。倭寇乘胜攻占平海卫。
俞大猷受命担任福建总兵官，在漳州招收农民武装六千人，赶来平海卫与广东总兵刘显军会师，屯兵五侯山，与倭营对垒，等候戚家军至，共同破敌。四月十三日，戚家军抵福清。平海卫倭探得戚继光已到，一半吓得从海上逃跑。剩下三千多凶狡精锐之倭，移往渚林南边的许家村，结寨据守。十九日，戚家军抵东停扎营。戚继光立即改装到前沿阵地，侦察敌情。随即往访俞大猷、刘显，取得联系。次日，巡抚谭纶到达渚林，会集三太营，商讨作战部署。议决由戚家军担任中哨冲锋，俞大猷军为右哨，刘显军为左哨，三路分进合击。
二十一日，深夜四鼓，明军兵各路，悄悄向敌营进发。中路戚家军以哨总胡守仁部为前锋，戚继光督后队，疾驰至五党山侧岭，戚继光命军士坐等月落，乘晨昏进扑敌营。这时，有两千多名倭寇，以一百多骑兵为先锋，向明军阵地袭来。戚家军猛然漫山点起火把，火炬飞舞，一排排飞铳射去。倭马受惊，没命地四散狂奔，倭寇步兵又冲将上来。戚家军与敌人展开短兵相接的鏖战。成家军摆开阵势，越杀越勇。倭寇经过交手，看着眼前这锐不可当的鸳鸯阵，知道真的遇上戚家军了，心丧胆寒，大败奔溃。戚继光挥师猛追，直达许家村敌营。这时，俞、刘二部亦集，围攻倭巢，展开血战。明军乘风放火，顷刻间，敌巢一片焦臭，焚尸无数。到四月二十=日上午九点，战斗全部结束。共讨斩敌2451级，缴获器械3961件，释放被俘百姓三千多人，一举收复平海卫。次日，明军凯旋兴化府城。
当戚家军自兴化班师，路经福清的时候，林墩一带的废墟上，老百姓已经重新盖起了房屋，种上了庄稼、蔬菜。当地群众见戚家军又来了，扶老携幼，向戚继光捧献茶果，一边拜舞，一边唱歌说：
“生我啊父母，
长我啊疆土。
我生不逢时啊疆土多故，
救我再生啊只有戚元辅。
伟大的元辅啊能文能武，
才使我今日啊重见故土。”
(《戚少保年谱耆编》第4卷，此系译文)
攻陷建宁府寿宁、政和二县的倭寇，饱掠之后，欲经宁德出海，与盘踞平海卫倭会合。当他们得知平海卫之倭已被荡平，便退屯连江县的马鼻，窥测方向。
五月三日，戚继光率军来袭。这里有两条山路可通敌营。戚继光命胡守仁等率奇兵三支，由左路进。陈禄等率正兵三支，自右路进，待日落发起冲锋。倭寇见右路兵至，暗遣精兵一支，乘黑从左路出，以抄截陈禄部后路，正碰上戚家军左路奇兵。胡守仁率众拥上格杀，倭寇败退回巢。戚家军两路夹攻，倭寇退据高山，箭石齐下，凭险死守。戚家军摆开鸳鸯阵，以盾牌前挡，猛往上冲，奋勇登山，一会儿就将敌寇砍倒一小半。余寇四散，一部分准备开船往海上逃命。船只早被明军舟师烧毁。倭寇计穷，遁人海边泥淖中，寻物隐蔽。戚继光率军团团围住。夜半潮涨，这伙穷寇都被汹涌的海浪卷走。戚继光率军紧追漏网残倭，直到离尤溪不远的肖石岭，终将残倭全歼。同时对那些勾结倭寇的汉奸山寇，也给予沉重打击。这年六月，戚继光以功升都督佥事。不久又升都督同知。
(三)扫灭福建倭寇
戚继光等率军消灭了嘉靖四十一年冬天来犯福建之倭，收复兴化、寿宁、政和后，戚家军进驻福宁州，这里成了戚继光的副总兵驻节地。戚继光开始常驻福建，担负保卫福建沿海的抗倭责任。
戚家军的官兵基本上是浙江人。他们家在浙江，归浙省管辖，却要长期守卫福建，困难是很多的。将士远离浙土，福建生活又比浙江差，军饷还时常拖欠，人们思乡之心甚切。只是上畏国法，又感于同戚继光的情义，才勉强维持住了这支部队。为顺应军心，嘉靖四十二年(公元1563年)九月，戚继光将所部一万多人分成两班轮换，一班回浙江休息，一班服现役。这样，当班士兵便只有6400人。但戚继光仍旧积极部署水陆设防。将6400人分作八营，命义总金科、叶大正率兵二支，驻福宁州，防守北路；署守备胡守仁等统兵二支，驻福清县，防守中路；署守备耿宗元等统兵二支，驻漳、泉，防守南路，戚继光亲自统兵二支，来回巡视接应。男命百户陈其可率军门标兵驻连江，保护省会福州。从北到南，在福建筑起了连绵不断的沿海防线。同时，他又增修战船92艘，积极加强海路防御。这些水陆布置，大大加强了福建沿海的防御力量。
嘉靖四十二年(公元1563年)四月，从平海卫逃回日本的数千名倭寇，都携带大量抢夺来的金银财宝，使其余倭贼十分眼红，激起了肮脏的掠夺贪欲。他们纠合二万七千多人，计划这年冬天先出发15000人，余寇来春续至，打算在福建沿海全面进攻，重点放在仙游，最终的目标是攻占省会福州。
十月，倭寇新的攻势开始了。北从福宁州的烽火门，南到泉州府的福全千户所，纷纷登陆。倭寇原指望可以饱掠一阵，再向福州进发，不想福建沿海已今非昔比了。从十月三日至十日的八天间，戚继光积极指挥水陆各路，在烽火门、东圯外洋、东磉外洋、台州外洋、池屿、太石邱、七星洋、上径桥、白犬、南安学前桥、渔溪、井门外洋等地，同倭寇大小开战十多次，连连取胜。其中规模最大的上径桥之捷，是在戚继光直接指挥下获得的。成继光根据倭寇分别在福清石邱澳和万安所连盘澳焚舟登陆的情况，断定敌人意在深入内地，南去兴化、泉州，与已登岸之倭会合，上径桥乃必经之路。他便命胡守仁率军务在八日夜赶至上径桥附近的渔溪埋伏。倭寇果然往上径桥奔来，一拥而上。可惜胡守仁点炮太早，戚家军伏兵杀出时，虽当场有数百倭寇挤落桥下淹死，但余寇还来得及匆忙退下桥去。戚家军一阵砍杀，斩敌92级，残寇从小路奔至惠安的东沙，抢了渔船往海上逃命。
戚家军水陆连获十二捷，共计击毁倭寇大小战船28艘，歼敌三千多名，给了这年首批来犯之倭以沉重的打击。
十一月上旬，倭寇集中二万多兵力围攻仙游县。城中军民在知县陈大有、典史陈贤等率领下，坚守待援。戚家军现班官兵才六千四百人，防线长达千里，力量分散。军中还有大半人染上疟疾、痢疾。在池屿、石邱、上径等地战斗中，又有伤亡。而且这一班官兵班期巳到，而下班兵因为浙江当局的阻挠，迟迟没能到达。在这种情况下，是无法与倭寇决战的。
戚继光一面遣使催浙兵速来，同时与谭纶一起，在决战前进行了周密的作战部署：随后，与谭纶率大队驻扎俞谭铺和沙园一带，故意鸣炮击鼓，使部队往来不停，引敌生疑，分散攻城之力；命署守备耿宗元等率兵一支随监军汪道昆往福州，保卫省会，防福宁登陆的倭寇来突袭。
戚继光设疑计，曾经使倭寇一度举棋不定。但倭寇见援兵久不到来，攻城便越来越激烈了。十二月六日，倭寇聚集精锐，对仙游发动猛攻。从城西北水关，砍倒木栅栏，攻破土城。守城壮士林志宽、陈二，生员施大铨挥刀迎战，不幸中敌铳牺牲。倭寇携带竹牌，已竖起云梯登城了。情况紧急万分， 守城勇士刘君芳、吴育、邱世修奋起杀敌，将登上城头的倭贼砍落城下，刘君芳本人也壮烈牺牲。敌人的云梯若不除，眼看还会再爬上来。游兵李以仁等冒着生命危险，冲出城外，放火烧毁了敌人的竹牌、云梯，迫使敌人稍稍后撤。这时，戚继光听说情况紧迫，命大队鼓铳齐响，喊声一片，倭寇以为明军大队真的到了，才慌忙退下去，这样才算暂解了仙游之急。
十二月二十三日，王如龙等换班官兵到达。明军齐集，士气重振。巡抚谭纶亲自到大营填令票，委托戚继光全权指挥。次日，戚继光召集诸将，指授作战方略。当时围攻仙游倭寇有二万多人，分屯东、西、南、北四门。明军人数仅一万来人，若四门同时攻打，以寡击众，取胜极难。戚继光决定集中优势兵力，命守备王如龙等将中左路军，署守备胡守仁等将中右路军，两军合力共攻南巢倭。又命把总陈濠等率右奇兵攻敌东巢，游击李超等率左奇兵攻敌西巢，以任牵制，目的在阻止东西两巢之倭增援南巢，以保证王如龙、胡守仁所部杀敌获胜。待王、胡得手后，再配合进攻。又命指挥吕从周等率标兵一支同都司郭成所领四百苗兵屯扎铁山，设疑兵以牵制北巢之倭。把总金科等率中军大营正兵，专备策应。戚继光还将作战具体部署及应注意事项，详细写明在号票上，分发诸将，各依计行事。
十二月二十五日，各路军分道出发。进入指定地点，恰逢大雨如注，故倭寇一点也没发觉。次日晨，漫天浓雾，伸手难见五指。五鼓饭毕，各路军马乘雾驰往敌营。
此刻，倭寇正在集队攻城。他们制造出八座比城墙还高一丈多的吕公车，车身三面围以数层竹木绵毡，以防枪弹。每车可容一百多人，车上架飞桥，可越城墙。倭寇用辗轮将吕公车已经推到城下了，猛攻在即，眼看城池难守。就在这千钧一发之际，王如龙率中左路军赶到，直冲敌人南巢杀去。倭寇只顾攻城，又有雾，故王如龙部一直走到离城不远处，才被发觉。倭寇一见明军来势勇猛，急忙停止攻城，结阵迎战。王如龙率部硬攻上去，胡守仁率中右路军也赶到，并力冲杀。倭寇大败，退入巢中死守。戚家军力拔木栅，斩墙而入，纵火焚烧敌巢。倭寇鬼哭狼嚎，东奔西突，被砍死四五百，余贼匆忙往东巢奔去。
南巢之倭已歼，王如龙、胡守仁各依戚继光在号票上预定之策，分头冲杀。胡守仁率中右路乘胜往东巢追击逃敌。陈濠急率右奇兵协同夹攻。东门乃仙游大路，这里集中了倭寇精锐，而且多设埋伏，所以战斗打得十分艰苦。右奇兵童子明所部不幸中敌埋伏，全部英勇牺牲。但明军其余各部，殊死拼战，终于攻破敌人东巢。
王如龙依计率中左路乘胜往西城杀去，会同李超率领的左奇兵，协力进攻西巢。西巢之倭听说南巢已破。吓得心惊魄散，不敢迎战，据寨自保。王如龙等率军如猛虎般扑来，顷刻攻破西巢。
东西两巢数千漏网之寇，拼命突围北走，企图与北巢倭合并死战。戚继光亲督金科等大营正兵，奋力攻杀，大败敌寇，捣毁北巢。倭寇全线溃败，丢下无数尸体，狼狈逃窜。八座吕公车化为灰烬，危急中的仙游城终于获救。
倭寇在仙游惨败后，尚余一万多人向南逃窜。明军随后紧追，嘉靖四十三年(公元1564年)二月四日中午，在周安县的王仓坪与敌相遇。戚继光折箭为誓，激励士气，督诸将率军冲入敌阵，一阵拼杀。倭寇知不敌，匆忙往山上逃去。这时，又有2000倭寇从胁部偷袭明师中军，直奔戚继光杀来。戚家军左右夹击，倭军力不支，也往山上逃去。戚继光挥众登山，追击逃寇，直杀到红日西沉。倭寇支撑不住，没命地四散狂奔，纷纷跌落崖下摔死。
败寇还剩下7000人，继续南逃。二月十二日，至漳浦。当地的汉奸15人与倭勾结，约定十六日夜，内外夹攻，夺取漳浦。倭寇乃屯兵蔡坡岭，准备袭城。十五日，戚家军追至。侦得上述情况，便于次日，猛攻蔡坡岭倭寇。倭寇大败，拼命突围不得出。只好向丛林中逃躲。明军纵火焚林，烧死敌人一千多名。其余倭寇大都带伤，突往诏安，由双港向广东逃去。后来被广东总兵俞大猷率领的明军追截剿杀，东藏西躲，弄得草木皆兵，再也不敢在中国土地上待下去了，只得从广东沿海寻船急急逃回日本。这伙残寇被戚家军杀得心惊胆战，逃上船后，仍心有余悸，大白天竟有人突然大惊失色，狂呼说：“戚虎来矣”，弄得全船惊慌不已。经过戚继光等爱国将领率领沿海军民的有效打击，许多倭寇终于明白，从今而后，再来侵犯中华土地，除了送死，是捞不到任何好处了。
同年，梅岭通倭山寇吴平作乱。吴平，福建漳州诏安县人，早年跟随倭寇在广东潮州一带流劫。其后党羽渐盛，他便自成一支，但仍旧挟倭之势剽掠，势甚猖獗，官军对他们束手无策。戚继光在福建不断灭倭的消息传来，吴平始惧。嘉靖四十三年夏，广东总兵俞大猷率师消灭潮、惠倭寇两万，吴平孤立。俞大猷遣使招抚，吴平不得已投降，被安置在诏安县的梅岭，但仍旧心怀两端。不久，他又召集亡命之徒一万多人，造战舰百余艘，到广东潮、惠一带大肆抢劫，又攻梅州、诏安，杀死明把总朱日玑、王豪，势力复盛。
梅岭属戚继光防地。戚继光闻报吴平重新聚众流劫，便于是年十二月，到漳州巡师。一面部署军事，一面遣使召吴平来见，以试其态度真伪。吴平不肯奉召，仅遣使缚另一通倭巨寇林田(即香公老)等来献，以缓明师。这使戚继光确信，吴平如不除，再有大批倭寇来犯，终为后患。嘉靖四十四年(公元1565年)二月，戚继光去函广东，约会俞太猷共同剿灭吴平。戚继光军屡挫吴平。九月闽、广二军会师，重新部署军事，对吴平盘踞的南澳岛发起总攻。南澳岛往外水路有三条，命两省水师协力把守，由俞大猷提督，防敌逃遁，陆路由戚继光提督，担任攻击。
当时连日飓风，十月初四，风息了。吴平时刻担心明军来袭老营，而不提防大沙、宰猪二澳。当日夜，戚继光先调兵数支往大沙澳，阻截原屯龙眼沙的寇兵援敌大巢。另以指挥曹南金、把总金科、义总胡世分率中、左、右三路军，每路另配备好策应兵，由戚继光亲自督领，直扑宰猪澳。明军占据宰猪、大沙二澳后，曹南金等率中路军攻吴平本寨，金科等率左路军继攻后寨，胡世等率右路军攻土围。吴平在寨前指挥拼死相抗。明军各路争前奋击。吴平率部退据土城。明军四面合围，斩栅而入。敌寇吓得四散溃逃，一半夺舟奔命，一半葬身海底。上船敌寇又遭明军舟师拦截。万余寇党，几被全歼，仅吴平领残寇八百，乘小船四十只，拼死突围逃出，经广东的潮州、饶平，一直跑到雷州、廉州，又遁入安南境内的万桥山。明军紧追不舍。直到嘉靖四十五年(公元1566年)四月，这支败寇终被傅应嘉、汤克宽率领的闽广联军所击败，吴平本人也投海而亡。
在会歼吴平的同时，从嘉靖四十三年到四十五年的春夏闽，每年仍时有小股倭寇前来福建沿海袭扰，但很快被戚家军歼灭。直至隆庆元年(公元1567年)三月，复有倭寇三百驾巨舰来南澳屯聚，准备迎候同党，被戚继光率军一举剿绝。续来的倭寇，在途中听说前倭已败，慌忙转帆遁回本国。四月份，还有数百倭寇，乘船四艘，停泊在泉州崇武所附近岸边。戚继光将这股倭寇诱引上岸，全部消灭。从此，侵扰东南沿海长期为患的倭寇，在沿海军民的共同打击下，终于基本平定。在抗击倭寇、保卫祖国的正义战争中，戚继光和戚家军所建立的赫赫战功，在中华民族反抗外来侵略的光辉史册上，写下了灿烂夺目的一页。
