针对台湾行政机构一些人近期对平潭综合实验区开发建设的一些非议和消极论调，出席第四届两岸青年学者论坛的学者在访问时表示，平潭综合实验区是两岸关系中的新生事物，是定位于打造“幸福宜居岛”的经济项目。台湾当局理应对此有更多了解和客观看待，不要牵强附会地乱扣“一国两制”实验区的帽子，影响台湾同胞参与平潭开发建设的积极性。
位于福州市东南部海域的平潭县是大陆距离台湾本岛最近的区域，陆地面积392.92平方公里，主岛海坛岛为中国第五大岛。2011年11月，国务院正式批准《平潭综合实验区总体发展规划》(以下简称《规划》)，提出要把平潭建设成为“两岸同胞合作建设、先行先试、科学发展的共同家园”。
厦门大学台湾研究院教授李鹏说，台湾行政机构多位主管官员最近针对平潭开发建设多次发表谈话，将平潭说成是“一国两制”实验区，声称平潭“发展条件还不够”、“现在这么早进去，实际上有相当大的风险”，还称台湾民众到平潭担任公职是“违法”。这些言论不仅暴露了台湾当局对平潭开放开发的不了解，更凸显出在两岸关系和平发展的新时期，台湾当局某些人过时和落伍的观念亟待调整。
根据《规划》，平潭定位为“开展两岸经济、文化、社会等各领域交流合作综合实验，促进两岸经济全面对接、文化深度交流、社会融合发展”；希望通过“打造台湾同胞‘第二生活圈’，构建两岸同胞共同生活、共创未来的特殊区域，促进两岸经济社会的融合发展探索两岸同胞建设共同家园的新模式和扩大两岸交流合作的新机制，为推进两岸更紧密合作创造和积累经验”。李鹏说：“这其中并没有提及政治的功能与定位。”
台湾当局两岸事务主管部门此前还声称，根据“两岸人民关系条例”，如果台湾民众到平潭综合实验区担任公职或教职，最高将被课以50万元新台币的罚款。台湾中国科技大学青年学者包淳亮说，不排除有台湾民众愿意冒着被罚款的风险仍然去平潭，这说明平潭的吸引力够足。
“应该把平潭开发回归到一个经济项目而非政治项目，平息不必要的争议。”台湾万能科技大学讲师陈俊豪说，许多台商朋友在了解到平潭将在“十二五”期间完成投资2500亿元人民币以上的大手笔，对这一地区的前景都表示出浓厚的兴趣。台湾方面如果一味用政治手段来加以钳制，可能会让这些有意向投资、参与平潭发展的台商望而却步。
陈俊豪提出，两岸应通过协商加强互信与沟通，有智慧地“解套”台湾民众参与平潭开发与岛内现行法规相抵触的部分，从技术层面创新“五个共同”(即共同规划、共同经营、共同开发、共同管理和共同受益)的合作模式。
