1801年3月2日，当时的美国总统、联邦党人亚当斯在其任期的最后一天午夜，突击任命了42位治安法官。然而，在新旧总统交接之际，各方都忙于职务交接，致使其中16人的任命状未能及时送达。继任的总统、民主共和党人杰弗逊让国务卿麦迪逊将这16份委任状统统扔掉。没有得到任命状的马伯里认为麦迪逊侵犯了自己的权利，于是依照1789年司法条例第13条中的“最高法院有权对公职人员颁发执行命令”规定而将麦迪逊告上了联邦最高法庭。
马伯里诉麦迪逊一案使联邦党人马歇尔大法官陷入了两难困境。他当然可以正式签发一项执行令，命令麦迪逊按照法律程序发出委任状。但麦迪逊有总统兼美军总司令杰弗逊撑腰，他完全可能对最高法院下达的执行令置若罔闻。既无钱又无剑的最高法院若向麦迪逊国务卿强行发号施令却又被置之不理，只会让世人笑掉大牙，进一步削弱最高法院的司法权威。可是，如果马歇尔拒绝马伯里合理的诉讼要求，那就等于主动认输，承认最高法院缺乏权威，无法挑战行政部门高官目无法纪的举动，不仅愧对同一阵营中的联邦党人战友，而且使最高法院颜面扫地。经过半个多月的苦思冥想，他终于琢磨出了一个两全其美的绝妙判决。
1803年2月24日，最高法官以5比0的票数对马伯里诉麦迪逊案作出裁决。首席大法官马歇尔主持宣布了法院判决书。
马歇尔在判决中首先提出了三个问题：第一，申诉人马伯里是否有权利得到委任状？第二，如果申诉人有这个权利，而且这一权利受到侵犯时，政府是否应该为他提供法律救济？第三，如果政府应该为申诉人提供法律救济，是否是该由最高法院来下达执行令，要求国务卿麦迪逊将委任状派发给马伯里？
对于第一个问题，马歇尔指出，委任状一经总统签署，任命即为作出；一经国务卿加盖，委任状即为完成，是不可撤销的，而且受到法律的保护。对于第二个问题，马歇尔的回答也是肯定的。他论证说：“每一个人受到侵害时都有权要求法律的保护，政府的一个首要责任就是提供这种保护。”
话到这里，人们自然会认为马歇尔会立即对麦迪逊下达执行令。但出人意料的是，马歇尔没有这样做，而且，他对第三个问题的回答是否定的。在他看来，虽然联邦法院有权对行政官员发出执行令，但在这一案件中，法院无权命令麦迪逊发出委任状，也就是说，马伯里告错了地方。他认为，最高法院是否有权发出执行令取决于它所管辖的范围，根据宪法规定，只有涉及大使、公使、领事等外国使节或州政府为一方当事人的案子时，最高法院才有初审权。而马伯里即非外国使节也不是州政府的代表，因此最高法院对他的案子并无初审管辖权。同时，在宪法规定的最高法院的固有权限方面，也没有把向行政官员下达执行令包括在内。
显然，1789年司法条例第13条与宪法存在冲突。据此，马歇尔把问题一下子跳到了国会法律的合法性上。在他看来，真正的问题是最高法院究竟是应遵从司法条例，还是遵从联邦宪法？
马歇尔斩钉截铁地指出：“宪法构成国家的根本法和最高的法律”，“违反宪法的法律是无效的”。据此，马歇尔正式宣布：1789年司法条例第13款因违宪而被取消。
这是美国最高法院历史上第一次宣布联邦法律违宪，确立了美国最高法院有权解释宪法、裁定政府行为和国会立法行为是否违宪的制度，对美国的政治制度产生了重大而深远的影响。
