历史上，随着审计工作在国家经济生活中的重要性逐渐突出和兼职审计的缺陷逐渐暴露，专职审计应运而生。古代的专职审计机构主要有以下几种。 一、比部 比部之名始自三国时魏尚书下的“比部郎”，两晋因之。南北朝时期，比部在宋国“主法制”，在齐国“掌诏书、律令、勾检等事”。
隋代，中央政权机构设三省六部，六部即：吏部、礼部、度支部、都官部、兵部、工部。比部隶属都官部，炀帝时改成比部郎。其执掌因袭北齐之制。
唐代，中央政权机构沿用隋代制度，仍实行三省六部制，比部隶属于刑部，这时比部的职能较前代发生了根本性的变化，它由最初的主管法制转变为专司审计的部门。其职掌是：“掌勾会内外赋敛、经费、俸禄、公廨、勋赐、赃赎、徒役、课程、逋欠之物及军资械器、和籴、屯收所入”。此外，还明确规定比部有对京师仓库、中央各衙门、地方各级官府进行定期审计的权力。
宋初，账籍的审查工作由三司之下的三部勾院（掌勾稽天下所申三部金谷百物出纳账籍，以察其差殊而关防之）、都磨勘司（掌勾覆三部账籍以验出入之数）、都理欠司（掌在京及天下欠负官物之籍，皆立限以促之）、都凭由司（掌在京官物支破之事，凡部支官物皆覆，无虚谬则印署而还之，支讫，复据数送勾而销破之）等几个部门负责。其中都凭由司首开事前审计之先河。
熙宁五年（1072）又在三司内另设置权力相对集中、地位相对独立的“提举账司”，行使账籍审查权。该机构有具体办事官吏二百人，负责审查国家的各种账簿。宋哲宗元祐元年（1086）七月，准司马光奏，将账司移交户部，但时隔不久，即元祐三年（1088），不仅把其再次划到比部，而且还把户部中的都理欠司、都凭由司的职权也和盘移归比部，从而扩大了比部的职权。
宋初比部仅为虚设，直到元丰改制才成为名符其实的专职审计机构，其职权是“掌勾覆中外账籍。凡场务、仓库出纳在官之物，皆月计、季考、岁会……钩考百司经费，有隐昧。则会问同否而理其侵负”。
至金、元，废比部。而明初，即洪武元年（1368），在刑部之下又设比部。洪武二十三年（1391）将刑部所属四部分为十二部，审计之职分掌于十二部。宣德十年（1435）又改为十三清吏司，审计工作形式上由十三清吏司继承下来，实际上撤消了比部。此后，直至清末这一机构再未设立，其名仅为刑部的别称而已。
二、审计司、审计院
审计司、审计院均诞生于宋代，是专门从事审计工作的专职机构。审计司是中国历史上第一个以“审计”命名的经济监督机构。
宋代的官制比较特殊，即实行机构重叠设置，官吏的官、职相分离的制度，以达到使各权力机构能相互牵制，避免某一机构擅权的目的。基于这种官制，当时国家的财政机构有三：户部、太府寺、三司。
元丰改制后，罢三司，其职掌分别划归太府寺和户部。在机构上，太府寺在原来基础上增至二十五个，审计司即为其中之一，即按照规程审计太府寺内各部门的收支；户部则接管了原三司大部分财政机关及三部勾院、都磨勘司、马步军专勾司等审计机构。
马步军专勾司在元丰改制前只审查国家步兵、骑兵的军费支出。改制后，在原基础上又增设诸司专勾司，合称诸军诸司专勾司。诸军诸司专勾司除了负责对军队费用支出进行审查外，还要对各级官吏俸禄的支付，全国各个地方上报中央财政的会计报告，以及国家赋税的征调与支出进行审计。
南宋高宗建炎元年（1127），因避皇帝（赵构）御讳，改“诸军诸司专勾司”为“审计院”。
与南宋并存的金国，仿宋制亦设有审计院。但其组织的规模远不及宋，“大安元年（1209）更参规措审计官三员，正七品”。
三、会考府
会考府是清代雍正元年（1723）成立的专职审计机构，独立性强、权威性高。它虽属中央审计机构，但其审计对象覆盖全国，陕西的各级官府亦在其审计范围之内。会考府的职责是：审核各省和中央各衙门的一切钱粮奏销事项，凡不符合核销规定者予以驳回。会考府的审计工作由怡亲王、隆科多、大学士白潢、左都御史朱轼四位王大臣共同主掌。其内部设有满汉郎中、员外郎各二员，主事三员，笔帖式十员等办事人员。为了使会考府核销钱粮工作制度化、规范化，雍正皇帝曾在会考府建立不久下诏：“嗣后有应驳之事，定须送会考府查看，如果应改驳，会考府王大臣列名驳回”。由此可见，当时统治者对会考府的重视程度了。
会考府于雍正三年（1725）九月撤销，前后共三年时间。它所进行的工作对纠正各省和中央各衙门的钱粮奏销中的弊端起到了不可磨灭的历史作用。
